​Rozhodující činností Ústavu zpravodajských studií je aplikovaný výzkum v oblasti strategického vojenského zpravodajství primárně v souladu s potřebami Vojenského zpravodajství a Velitelství kybernetických sil a informačních operací Armády České republiky se zvláštním zaměřením na rozvoj:

• základních zpravodajských oborů (zpravodajství z lidských zdrojů, signálové zpravodajství, obrazové zpravodajství a zpravodajství z otevřených zdrojů)
• nástrojů informační analýzy
• metod a technik strukturované analýzy
• simulace a modelování ve zpravodajství
• zpravodajského prognózování, monitoringu a vyhodnocování politicko-vojenského, vojenskostrategického a bezpečnostního vývoje v regionech a vybraných tématech zpravodajského zájmu